Joachim Blankenburg schloss sein Studium der Agrarwissenschaften an der Universität Göttingen 1978 mit einer von Prof. Herbert Kuntze betreuten Diplomarbeit "Modellversuche zum Phosphataustrag aus saurem Hochmoorboden" ab. Diese Forschungen führte er am Bodentechnologischen Institut des NLfB in Bremen unter Leitung von Prof. Bernhard Scheffer weiter und erhielt 1983 von der Universität Göttingen für seine Dissertation "Untersuchungen zur Phosphatdynamik saurer organischer Böden im Hinblick auf die Reduzierung des Phosphoraustrages und der Gewässereutrophierung durch boden- und düngetechnische Maßnahmen" den Doktortitel (Dr. sc. agr.).

Blankenburg wurde 1985 selbst Leiter des Bremer Bodentechnologischen Instituts und führte dort systematische Feldversuche zur Wiedervernässung von Hoch- und Niedermooren durch. Auf deren Grundlage erarbeitete er für das moorreiche Niedersachen zahlreiche Empfehlungen zur ökologisch maßvollen Bewirtschaftung und Entwässerung von Mooren. Er war maßgeblich an nationalen und EU-Projekten, u.a. für das "Ökosystemmanagement für Niedermoore" (BMBF 1991 bis 1998) und den "Guidelines for wetland restoration of peat cutting areas" (EU BRIDGE-Project, 1999-2001), beteiligt. Zur Verbreitung der Erkenntnisse der Moorforschung diente er über Jahrzehnte im Vorsitz der Deutschen Gesellschaft für Moor- und Torfkunde, der Deutschen Landeskulturgesellschaft und des Bremer Vereins zur Förderung der Moorforschung. In Anerkennung seiner wissenschaftlichen Leistungen auf den Gebieten der Hydrologie und Renaturierung der niedersächsischen Moore, wurde ihm 2009 die Carl Albert Weber-Medaille verliehen.

2004 wurde das Bremer Bodeninstitut in ein Referat "Geologischer Dienst für Bremen" (GDfB) umgewandelt, seit 2008 eine unabhängige Bremer Landesbehörde. Joachim Blankenburg hat diese Transformationsprozesse erfolgreich umgesetzt und einen kompetenten Mitarbeiterstab aufgebaut. Eine zentrale Errungenschaft ist ein dreidimensionales Strukturmodell der Geologie des Landes Bremen, das eng mit einem hydrogeologischen Modell verknüpft ist. Dieses System bietet Basisinformationen, die zur Bewirtschaftung des Grundwassers, für die Nutzung der oberflächennahen Geothermie, für Tiefbaumaßnahmen und den Boden- und Naturschutz Bremens von fundamentaler Bedeutung sind.

Viele Studierende nutzen die stete Bereitschaft des GDfB, praxisnahe, regionalspezifische Lernangebote in individuellem Zuschnitt anzubieten und fachkundig wie gewissenhaft zu betreuen. In zwölf Jahren hat Prof. Blankenburg 14 geowissenschaftliche Abschlussarbeiten in Bremen erstbetreut und 5 weitere zweitbetreut. Am GDfB wurden bisher 71 studentische Projekte und 68 studentische Praktika absolviert. Diese außergewöhnlichen und langjährigen Verdienste für die geowissenschaftliche Lehre möchte der Fachbereich mit der Vergabe der Honorarprofessur würdigen.